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亚科的线粒体基因组研究(半翅目:天牛科)

来源:365bet365娱乐 作者:365bet网址主页 发布时间:2019-03-12

亚科(半翅目:Kijimushi家庭)的线粒体基因组研究
Leigh Yakion
摘要Hormaphidinae是,Cerataphidini,Hormaphidini,Nipponaphidini,包括三个家庭的特殊蚜虫的,属于蚜虫家庭半翅目,是研究生物进化理论的理想模型。
2016年1月,GenBank中有线粒体基因组七个,但亚家族不参与。
因此,基于比较基因组学,探讨线粒体基因组亚科的基本特性,构建它并没有被报道的线粒体基因组的亲缘关系亚科条款。
在这项研究中,一个典型的11个亚科的线粒体基因组测序,并选择(5个蝎子,二蝎子和四个蝎子),得到最后的四个完整的线粒体基因组。线粒体
在这项研究中,对线粒体基因组中获得的信息进行分析通过比较基因组注释的方法。同时,基于对线粒体基因组获得的信息,亲缘关系亚科重建,得到了以下主要结论:1。
Hormaphisbetulae,Cerataphisbrasiliensis,Schizoneuraphisgallarum和Neothoracaphisyanonis的线粒体基因组的长度分别为15088个碱基,14920个碱基,14988 bp和15080个碱基。除了巴西,其他三个编码蚜虫37。基因(13个PCG,22件的tRNA,2块rRNA基因和一个控制区域)。蚜虫的四个都位于相同的方式,虚拟昆虫的祖先黑腹果蝇。
2
13蛋白编码基因的起始密码子是ATN(ATG)。
ATC,ATT,ATA);终止密码子有两种主要类型是:T和TAA。编码具有进化速度最快的蛋白13个基因是Nad4,和COX1具有进化的最慢速度。
3
蛋白质编码基因有明显的密码子使用的优先级,并且在每个氨基酸最常用的密码是NNA / NNU,这也反映了线粒体基因组亚科AT选择性。
4
白桦,小白菜,C.锯缘青蟹,和蚊子的新乳房蝎子的AT含量为82。
2%,84
2%,82
6%,83
9%,这也反映了线粒体基因组亚家族的偏见。

22片的tRNA的,它仅trnS1(AGN)是要形成一个典型的三叶形结构不能形成,其它的21个氨基酸的tRNA典型三叶结构用于去除DHU臂的我成功了的tRNA的,非经典配对现象的二级结构有几个。例如,A = A,G = U等。所有的rRNA结构是符合蚜虫的典型特征。
6
TRNG(甘氨酸)缺失的基因是在巴西蝎发现,编码nad3蛋白的基因的序列是COX3基因序列的一部分,所述共有序列是351个碱基。
7
腭裂,具有类似序列的tRNA编码TRNS基因序列,在N个链序列可以编码TrnW,序列相似的tRNA也存在于溶胀标签编码序列TRNE。这可以被放入一个字符串N.Codify trnF序列。
8
基于编码基因线粒体蛋白,使用ML和BI方法构建的系统发育关系。结果表明,属比安奇,蝎子和蝎子日本一个单。
这项研究是第一个专注于提供关于三个家庭完整的线粒体基因组测序所得的线粒体基因组亚科详细的笔记。比较这亚科三个亚科线粒体基因组的比较基因组学的基本特征进行了总结和他们比较。使用编码线粒体蛋白的基因被重建亲缘关系亚科。这将验证它的前身,辅以有效的系统发育信息的结果。
总之,这项研究对蚜虫,蚜虫功能和进化等理论问题的线粒体基因组的进化关系的进一步探索奠定了基础。
格兰特单位】:陕西师范大学[等级]:硕士[授予年份2016【分类号】:Q963
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